Brain anatomy on MRI axial slices

We have created a brain atlas that is an interactive tool for studying the conventional anatomy of the normal brain based on a magnetic resonance imaging exam of the axial brain. Anatomical structures and particular area are visible as interactive labeled images.

Cross sectional anatomy: MRI of the brain

• A mri was performed on a healthy subject, with several acquisition with different weightings: spin-echo T1, T2 and FLAIR, T2 gradient-echo, diffusion, and T1 after gadolinium injection. We obtained 24 axial slices of the normal brain.
• Data and DICOM images archived on our PACS (Picture Archiving and Communicating System) were processed and exported as JPEG images. The software Macromedia Flash and Adobe Photoshop allow us the development of an atlas based application with a suitable functionality and user interface for exploration of the neuroanatomy.
• Anatomical structures were labeled according to the actual Terminologia Anatomica.

Anatomy of the brain: how to visualize anatomic labels

• This module is a comprehensive and affordable learning tool for medical students and residents and especially for neuroradiologists and radiation oncologists.
  It provides access to an atlas and to images in the axial planes, allowing the user to learn and review neuroanatomy interactively. Images are labeled, providing an invaluable teaching resource. The test mode allows comprehensive evaluation of user progress.
• The horizontal menu gives access to several groups of anatomical structures: encephalic sulci and gyri, limbic system, white matter, ventricle and cisterns architecture, basal nuclei and related structures, optic tract, cerebellum with his lobes according to numbered nomenclature, spinal cord. Vascularisation of the brain can be afforded with the arteries and venous sinuses sections. Pituitary and pineal glands are regrouped as “gland”.
• As the cursor is moved over a particular anatomic area, that area is highlighted and labeled: this tool has been chosen to show encephalic lobes: frontal, occipital, parietal, temporal, insula, cerbellum (anterior, posterior and flocculonodular lobes).
• The MRI is a particulary powerful exam for studying structures as diencephalon, mesencephalon (mid brain), pons, myelencephalon (medulla oblongata, bulb) and spinal cord.
• The vertical left menu provides coronal and sagittal images of the brain, with anatomical schemas based on a three dimensional (3D) model.

• Abhang des Kleinhirnwurms (VI) - Declive [VI]
• Adergeflecht - Plexus choroideus
• Adergeflecht - Plexus choroideus ventriculi tertii
• Anatomische Strukturen - Anatomical structures
• Aquädukt - Aqueductus mesencephali; Aqueductus cerebri
• Archicortex - Archicortex
• Area amygdaloclaustralis - Area amygdaloclaustralis
• Arterien - Arteriae
• Augenhöhlenwindungen - Gyri orbitales
• Balkenknie - Genu corporis callosi
• Balkenschnabel - Rostrum corporis callosi
• Balkenstamm - Truncus corporis callosi
• Balkenwulst - Splenium corporis callosi
• Blatt des Kleinhirnwurms (VII A) - Folium vermis [VII A]
• Blutleiter rechts bzw. links des Keilbeins - Sinus cavernosus
• Bogenförmige Windung - Gyrus supramarginalis
• Brücke - Truncus encephali
• Cisterna cerebellomedullaris lateralis - Cisterna cerebellomedullaris lateralis
• Cisterna chiasmatis - Cisterna chiasmatica
• Cisterna interpeduncularis - Cisterna interpeduncularis
• Cisterna magna - Cisterna cerebellomedullaris posterior; Cisterna magna
• Cisterna quadrigeminalis - Cisterna quadrigeminalis; Cisterna venae magnae cerebri
• DWI - DWI
• Dritter Ventrikel - Ventriculus tertius
• Drüsen - Glands
• Durchsichtige Scheidewand - Septum pellucidum
• Einfaches Läppchen H VI und VI - Lobulus simplex [VI et H VI]
• FLAIR - FLAIR
• Flocke (H X) - Flocculus [H X]
• Flocke-Knötchen-Lappen - Lobus flocculonodularis
• Foramen - Foramen Monroi - Foramen - Foramen interventriculare
• Fornix - Fornix
• Fornixkommissur - Commissura fornicis
• Fornixkörper - Corpus fornicis
• Fornixschenkel - Crus fornicis
• Furchen - Sulci
• Galen-Vene - V. magna cerebri
• Gerade Windung - Gyrus rectus
• Gerader Blutleiter - Sinus rectus
• Gewichtsfaktoren - Weightings
• Gipfel des Kleinhirnwurms (IV und V) - Culmen [IV et V]
• Großhirnschenkel - Pedunculus cerebri
• Gyrus parahippocampalis - Gyrus parahippocampalis
• Hintere Hirnarterie - A. cerebri posterior
• Hintere Zentralfurche - Sulcus postcentralis
• Hintere Zentralwindung - Gyrus postcentralis
• Hinterer Schenkel der inneren Kapsel - Crus posterius capsulae internae
• Hinterhaupt-Schläfenfurche - Sulcus occipitotemporalis
• Hinterhauptblutleiter - Sinus occipitalis
• Hinterhauptlappen - Lobus occipitalis
• Hinterhorn des Seitenventrikels - Cornu occipitale ventriculi lateralis; Cornu posterius ventriculi lateralis
• Hinterlappen des Kleinhirns - Lobus cerebelli posterior
• Hirnanhangdrüse - Hypophysis; Glandula pituitaria
• Hirnbasisarterie - A. basilaris
• Hirnlängsfurche - Fissura longitudinalis cerebri
• Höcker des Kleinhirnwurms (VII B) - Tuber vermis [VII B]
• Incisura praeoccipitalis - Incisura preoccipitalis
• Innere Drosselvene - Vena jugularis interna
• Innere Halsschlagader - Arteria carotis interna
• Innere Hinterhaupt-Schläfenwindung - Gyrus occipitotemporalis medialis
• Innere Scheitellappenfurche - Sulcus intraparietalis
• Insellappen - Insula; Lobus insularis
• Inselschwelle - Limen insulae
• Kammern/Zisternen - Ventricles/Citerns
• Keilbein-Scheitelbein-Blutleiter - Sinus sphenoparietalis
• Keilwindung - Cuneus
• Kleinhirn - Cerebellum
• Kleinhirnkerne - Nuclei cerebelli
• Kleinhirnmandel (H IX) - Tonsilla cerebelli; Paraflocculus ventralis [H IX]
• Kleinhirnzunge (I) - Lingula cerebelli [I]
• Knie der inneren Kapsel - Genu capsulae internae
• Knötchen des Kleinhirnwurms (X) - Nodulus [X]
• Kollateralfurche - Sulcus collateralis
• Kurze Inselwindungen - Gyri breves insulae
• Lange Inselwindung - Gyrus longus insulae
• Limbisches System - Limbic system
• Luschka-Foramen - Foramen/Seitliche Öffnung - Apertura lateralis
• Magendie-Foramen - Foramen/Mediane Öffnung - Apertura mediana
• Mittelhirn - Mesencephalon
• Mittelteil; Körper des Seitenventrikels - Pars centralis ventriculi lateralis
• Mittlere Hirnarterie - Arteria cerebri media
• Mittlere Schläfenwindung - Gyrus temporalis medius
• Mittlere Stirnwindung - Gyrus frontalis medialis
• Mittlere Stirnwindung - Gyrus frontalis medius
• Mittlerer Kleinhirnstiel - Pedunculus cerebellaris inferior
• Nuclei basales et structurae pertinentes - Nuclei basales et structurae pertinentes
• Obere Schläfenfurche - Sulcus temporalis superior
• Obere Schläfenwindung - Gyrus temporalis superior
• Obere Stirnfurche - Sulcus frontalis superior
• Obere Stirnwindung - Gyrus frontalis superior
• Oberer Felsenbeinblutleiter - Sinus petrosus superior
• Oberer Hügel - Colliculus superior
• Oberer Kleinhirnstiel - Pedunculus cerebellaris medius
• Oberer Pfeilblutleiter - Sinus sagittalis superior
• Oberes Scheitelläppchen - Lobulus parietalis superior
• Oberes halbmondförmiges Läppchen (H VII A) - Lobulus semilunaris superior cerebelli; Crus primum lobuli ansiformis cerebelli [H VII A]
• Optischer Trakt - Optic tract
• Pallidum - Globus pallidus lateralis
• Paraterminalwindung - Gyrus paraterminalis
• Pars sublenticularis amygdalae - Pars sublenticularis amygdalae
• Pedunculus cerebellaris superior
• Plexus basilaris - Plexus basilaris
• Pulvinar - Pulvinar thalami
• Putamen - Putamen
• Pyramide des Kleinhirnwurms (VIII) - Pyramis vermis [VIII]
• Querverlaufender Blutleiter - Sinus transversus
• Rhinalfurche - Sulcus rhinalis
• Riechfurche - Sulcus olfactorius
• Roter Kern - Nucleus ruber
• Rückenmark - Medulla spinalis
• S-förmiger Blutleiter - Sinus sigmoideus
• Scheitelhinterhauptfurche - Sulcus parietooccipitalis
• Scheitellappen - Lobus parietalis
• Schläfenhorn des Seitenventrikels - Cornu temporale ventriculi lateralis; Cornu inferius ventriculi lateralis
• Schläfenlappen - Lobus temporalis
• Schläfenpol - Polus temporalis
• Schweifkernkopf - Caput nuclei caudati
• Schweifkernkörper - Corpus nuclei caudati
• Schweifkernschwanz - Cauda nuclei caudati
• Sehbahn - Tractus opticus
• Sehnerv II - Nervus opticus [II]
• Sehrindenfurche - Sulcus calcarinus
• Sehstrahlung - Radiatio optica
• Seitliche Furche - Sulcus lateralis
• Stabkranz - Corona radiata
• Stirnlappen - Lobus frontalis
• Stirnpol - Polus frontalis
• Subarachnoidalraum - Spatium subarachnoideum; Spatium leptomeningeum
• Substantia alba - Substantia alba
• T1 - T1
• T1 - T1 Gado - T1 - T1 Gado
• T2 - T2
• T2 - T2*
• Thalamus - Thalamus
• Uncus - Uncus
• Untere Olive - Pons
• Untere Schläfenfurche - Sulcus temporalis inferior
• Untere Schläfenwindung - Gyrus temporalis inferior
• Untere Stirnwindung - Gyrus frontalis inferior
• Unterer Hügel - Colliculus inferior
• Unterer Pfeilblutleiter - Sinus sagittalis inferior
• Unteres halbmondförmiges Läppchen (H VII A) - Lobulus semilunaris inferior; Crus secundum lobuli ansiformis cerebelli[H VII A]
• Venöse Sinus - Venous sinuses
• Verbindung der Thalamushälften - Adhesio interthalamica
• Verlängertes Rückenmark - Myelencephalon; Medulla oblongata; Bulbus
• Vierter Ventrikel - Ventriculus quartus
• Vordere Hirnarterie - Arteria cerebri anterior
• Vordere Keilwindung - Precuneus
• Vordere Kommissur - Commissura anterior
• Vordere Zentralfurche - Sulcus precentralis
• Vordere Zentralwindung - Gyrus precentralis
• Vorderer Schenkel der inneren Kapsel - Crus anterius capsulae internae
• Vorderes viereckiges Läppchen H IV und H V - Lobulus quadrangularis anterior [H IV et H V]
• Vorderhorn des Seitenventrikels - Cornu frontale ventriculi lateralis; Cornu anterius ventriculi lateralis
• Vorderlappen des Kleinhirns - Lobus cerebelli anterior
• Vorhof - Atrium
• Vormauer - Claustrum
• Windungen - Gyri
• Winkelwindung - Gyrus angularis
• Wirbelarterie - Arteria vertebralis
• Zentralfurche - Sulcus centralis
• Zentralfurche der Insel - Sulcus centralis insulae
• Zentrallappen des Kleinhirnwurms (II und III) - Lobulus centralis [II et III]
• Zirbeldrüse - Glandula pinealis
• Zirkularfurche der Insel - Sulcus circularis insulae
• Zungenwindung - Gyrus lingualis
• Zweibäuchiges Läppchen (H VIII) - Lobulus biventer (H VIII)
• Zwingenfurche - Sulcus cinguli
• Zwingenwindung - Gyrus cinguli
• Zwischenhirn - Diencephalon
• Zäpfchen des Kleinhirnwurms (IX) - Uvula vermis [IX]
• Äußere Hinterhaupt-Schläfenwindung - Gyrus occipitotemporalis lateralis
• Äußere Kapsel - Capsula externa