En recherche, l’IRM fonctionnelle est largement utilisée pour les études neuropsychologiques et cognitives.
En pratique clinique, les applications actuelles de l’IRM fonctionnelle concernent la localisation des régions fonctionnelles de la motricité et du langage à visée pré-opératoire avant une exérèse neuro-chirugicale, la détermination de la dominance hémisphérique de langage (calcul de l’index de latéralité) et l’évaluation des possibilités de récupération fonctionnelle.